#include <iostream>
#include <cstdio>
using namespace std;
int main()
{
double *n = new double[1000];
double *m = new double[1000];
int l=0;
int r=0;
while(getchar() != EOF)
{
scanf("%lf",&n[l]);
l++;
}
for(r=l; r>0; r--)
{
m[r]=sqrt(n[r]);
cout << m[r];
}
}

Вот на основе твоего кода. массив m мне кажется лишний здесь. getchar "съедал" символ.
cout выводит без заданной точности.
#include <iostream>
#include <math.h>
using namespace std;
int main()
{
double *n = new double[10000000];
double buf;
int l=0;
while(scanf("%lf",&buf) != EOF) n[l++]= sqrt(buf);
l-=1;
while (l>=0) printf("%.4f\n",n[l--]);
}