В FPC все работает, здесь же ...
Вот код
program f1;
var f,f2:text;
i,j:integer;
a:array[1..130000] of real;
begin
assign(f,'input.txt');
reset(f);
i:=0;
While not eof(f) do begin
                    inc(i);
                    read(f,a[i]);
                    end;
close(f);
assign(f2,'output.txt');
rewrite(f2);
For j:=i downto 1 do

writeln(f2,sqrt(a[j]):0:4);
close(f2);
End.