//============================================================================
// Name        : 1001. Reverse root
// Author      : Efrén Fuentes
// Version     : 1.00
// Copyright   : Efrén Fuentes. 2010
// Description : Imprimir las raices cuadradas en orden inverso
//============================================================================

#include <stdlib.h>
#include <iostream>
#include <iomanip>
#include <cmath>

using namespace std;

class Nodo {
public:
    long double valor;
    Nodo *anterior;
};

class Pila {
public:
    Nodo *tope;

    Pila() {
        tope = NULL;
    }

    void Push(long double valor) {
        Nodo *nuevo = new Nodo();
        nuevo->valor = valor;
        nuevo->anterior = tope;
        tope = nuevo;
    }

    void PushRaiz(long double valor) {
        Push(sqrt(valor));
    }

    long double Tope() {
        Nodo *ultimo = tope;
        long double valor = tope->valor;

        tope = ultimo->anterior;

        return valor;
    }
};

int main() {
    // declarar variables
    long double numero;
    Pila *pila = new Pila();

    // leer valores
    while(!cin.eof()) {
        cin >> numero;
        pila->PushRaiz(numero);
    }

    // el ultimo numero ingresa dos veces en la pila
    // hay que eliminarlo
    pila->Tope();

    // formatear la salida con 4 decimales
    cout << setiosflags(ios::fixed) << setprecision(4);

     // mostrar las raices
    while(pila->tope != NULL) {
        cout << pila->Tope() << endl;
    }

    return EXIT_SUCCESS;
}

Read FAQ: sizeof(long double) == sizeof(double) == 8 byte.
You should use "long long" for such big numbers as 10^18.